Nel 1519 Carlo V ingrandiva il suo dominio ottenendo la corona imperiale di Germania contesagli da Francesco I, re di Francia. Fra questi due regnanti a più riprese furono combattute aspre battaglie che trasformarono l'Europa intera in un teatro di lotte. Dopo più di venti anni di lotte, Francesco I, per disfarsi dell'avversario e soddisfare la sua feroce passione di vendetta e di ambizione, stimandosi inferiore di forza, dimentico di essere cristiano, strinse alleanza con Solimano il Grande, re dei Turchi, il quale ben comprese che era il momento propizio di approfittare della discordia dei due re cristiani per espandere, mercé l'opera dei pirati che avevano le loro sedi lungo le coste dell'Africa, la sua potenza e trarre dall'azione di essi lauto bottino.
Una flotta di 150 triremi, alla quale fu posto a capo Ariadeno (Khair ad-dín), re dei pirati, conosciuto volgarmente sotto il nome di Barbarossa per la sua barba folta e rossiccia, e che già aveva a Tunisi lasciato triste ricordo della sua persona durante il tempo che ne era stato il dominatore, fu pertanto spedita nel 1543 da Solimano in aiuto del re dei Francesi. Dopo avere costeggiato l'Italia, arrecando considerevoli danni in alcune località marittime giunse in Francia, dove per circa un anno si trattenne nei pressi di Marsiglia; dopo di che il re Francesco I, ravvedutosi della scandalosa lega con quegli infedeli, che gli aveva fruttato soltanto immense spese e l'odio dei popoli cristiani, rimandò Barbarossa in Oriente, consegnandogli molti doni. Spinto dalla sua indole, il re dei pirati pensò di compiere, anche durante il viaggio di ritorno, azioni di forza onde trarre da esse il maggiore bottino possibile. Le intenzioni del corsaro furono note prima ancora che egli intraprendesse il ritorno e molto si temette per la città di Lipari, sita sul percorso che l'armata navale turca doveva fare per tornarsene in patria. Il viceré di Napoli, don Pietro di Toledo, alla fine del mese di maggio 1544, inviò a tal proposito ai Liparesi un naviglio per avvertirli della minaccia che gravava sulla loro città. Posti sull'avviso, i Liparesi, per nulla sbigottiti dalla forza del nemico, si diedero con animo e fervore a preparare la difesa della loro città. Da Messina provvidero a ritirare, con denaro raccolto fra loro stessi, copiose armi e munizioni. Era antica consuetudine che in caso di pericolo le città vicine si aiutassero fra loro con l'inviare soccorsi di uomini ben armati, provvedendoli di viveri di tre giorni in tre giorni, e col dare inoltre temporaneamente qualche pezzo di artiglieria, per cui anche la città di Patti, come si rileva da un documento del secolo XVI che si conserva nell'Archivio Municipale di quella città, prestò in quell'occasione artiglieria a Lipari. Fu vagliata dai Liparesi la opportunità di inviare in Sicilia tutte le donne, i bimbi e gli inadatti alle armi per toglierli dal pericolo e nel contempo alleggerire il peso del vettovagliamento necessario per affrontare un lungo assedio; prevalse però l'opinione di coloro che stimavano che nessuno dovesse allontanarsi dall'isola in modo che gli uomini di Lipari, avendo l’impegno di difendere con il suolo della patria, anche la propria famiglia, avrebbero così combattuto con maggiore accanimento e con maggior fede. Anche la tesi avanzata da alcuni di fare venire da Messina una forte guarnigione di soldati spagnoli per accrescere il numero dei difensori, non ebbe felice esito, fidando che le sole forze dell'isola sarebbero state sufficienti alla difesa della città. Né migliore fortuna ebbe la richiesta fatta al Viceré di Napoli di avere una guarnigione in aiuto; Pietro di Toledo infatti richiese agli abitanti di Lipari di sopportare le spese dell'invio della guarnigione; condizione che non fu dai Liparesi accettata, importando essa un'ingente spesa e non essendo quei cittadini in grado di sostenerla.
Lipari si apprestò cosi a subire l'assalto dell'imponente forza di Ariadeno Barbarossa.  Giunse nel frattempo da Napoli una fregata inviata ai Liparesi dal viceré Pietro Toledo, carica di munizioni da guerra, la quale recò pure l'avviso che non sarebbe passato molto tempo dal sopraggiungere di Barbarossa. Costui infatti, partito da Tolone per Costantinopoli, si diede prima a saccheggiare la riviera di Napoli ed indi espugnò l'isola di Ischia. Non contento di queste devastazioni, egli mosse quindi contro Lipari per espugnarla; ciò alla fine del giugno 1544. Il Maurolico, storico di quel tempo, scrive che la flotta turca al 30 giugno era arrivata fino a Policastro e che l'indomani, dalle più alte cime del Peloro, fu vista avvicinarsi alle isole Eolie e che il numero delle navi ascendeva a 144. I Liparesi, che conoscevano per fama la crudeltà del Barbarossa, appena seppero dell'avvicinarsi del terribile pirata, confidando nel sito della città, forte per natura, si ritirarono tutti, per come era stato prestabilito, entro il Castéllo, fiduciosi di potere sostenere un lungo assedio. Questo Castello, entro il quale era costruita la città propriamente detta, sorge sopra una rupe scoscesa bagnata da più parti dal mare, il che rendeva difficile espugnarlo, ed esso era inoltre fornito di un'ottima fortezza. Su questa rupe era possibile accedere semplicemente da una strada, che poteva essere guardata da poche persone ed il cui ingresso era recinto da muraglie e da bastioni. Ai piedi di questa rupe si trovava un borgo abitato che, al primo sentore dell'avvicinarsi del famoso corsaro, fu abbandonato dagli abitanti i quali corsero a rinchiudersi entro il Castello.
Barbarossa, giunto a Lipari, entrato risolutamente nel porto e posto l'assedio al Castello, senza porre tempo in mezzo, inviò una ambasceria per chiedere la resa della città. Essendosi però gli abitanti mostrati risoluti a combattere anziché ad arrendersi, Barbarossa provvide a fare sbarcare i suoi uomini sulla spiaggia dell'insenatura detta Portinenti. Gia un forte nucleo aveva posto piede a terra e vari cannoni erano stati sbarcati, quando l'artiglieria liparese cominciò il suo fuoco, arrecando ai nemici gravi danni, per cui le navi degli assalitori furono costrette ad allontanarsi dalla detta spiaggia ed a porsi al riparo dietro la punta denominata Capistello. Con bene aggiustati colpi, i Liparesi riuscirono, prima ancora che le navi di Barbarossa potessero mettersi al sicuro, ad affondare due galee nemiche. L'audacia dei Liparesi non disarmò gli assalitori, i quali attesero il favore della notte per potere ritentare l'impresa ed indisturbati procedere allo sbarco di altre truppe e di altri cannoni, che furono collocati presso la vecchia chiesa di S. Bartolomeo, alla quale era congiunto il convento dei francescani. In questa località, che restava alquanto rialzata nei confronti del vicino terreno, fu, oltre l'artiglieria, sistemato pure l'accampamento per le truppe sbarcate. Solo le luci del giorno resero edotti i Liparesi di quanto nella notte era stato operato dai nemici. Un duello feroce, incessante, ebbe cosi inizio fra le artiglierie dei due contendenti. Giorno e notte, senza tregua alcuna, la città di Lipari venne battuta dai cannoni di Barbarossa che, con colpi bene aggiustati, mandavano in rovina le muraglie del Castello, arrecando fra le file dei difensori gravi perdite. Solo per poco gli assediati poterono controbattere i nemici con efficaci colpi, perché al terzo giorno la loro artiglieria fu resa inservibile, ma non per questo l'animo dei Liparesi venne meno. Mentre essi si difendevano coraggiosamente, il corsaro spedì trenta galee a Patti per provvedersi di acqua; impediti nel potersela procacciare, per i continui assalti dati dalla cavalleria siciliana, i Turchi saccheggiarono per vendetta la città di Patti, asportando un ricco bottino e bruciando circa centocinquanta case.
I Liparesi, considerato che ogni resistenza sarebbe stata vana, inviarono al Barbarossa quattro ambasciatori per chiedere le condizioni di resa e supplicarlo di risparmiare la loro città da una sicura distruzione. Ingente fu la taglia richiesta dal Barbarossa, domandando egli ben centomila scudi per allontanarsi. Tornati gli ambasciatori entro le mura della loro città, e riferita ai concittadini la risposta data dal Barbarossa, furono ampiamente discusse le condizioni di resa; ma non essendo i Liparesi nella possibilità di far fronte ad un pagamento così ingente, fu sollecitato l'assalitore di volere ricevere piú mite somma. La proposta esacerbò il re dei pirati che, senza indugio, diede ordine che fosse ripreso il bombardamento della città. Le macchine furono accostate alle mura del Castello e nessun mezzo fu tralasciato per arrecare fra i difensori danni e vittime, reputando Barbarossa cosa disonorevole partire senza avere espugnato la città di Lipari.
II 4 luglio, mentre a Lipari fortemente si combatteva, avvenne un'eclisse totale di luna, che diede luogo alle più strane fantasticherie. I Turchi intanto, resi ancor più feroci dall'eroica resistenza dei Liparesi, provvidero a raddoppiare gli sforzi e gli assalti; resistevano gli assediati, convinti che se i nemici fossero penetrati entro il Castello, tutti sarebbero stati massacrati senza differenza di persona, di età e di sesso. Percosso dai colpi nemici, cadde nel frattempo parte di un muro principale del Castello, ferendo nella sua rovina molti difensori. Superbi nella difesa, sprezzanti della vita, per nulla scoraggiati, resistevano gli assediati, avendo cura di riparare alla meglio, con pietre, terra e legname, ogni falla prodotta dai proiettili nemici. Per più intimorire gli assediati, Barbarossa, sicuro di non potere ricevere alcuna molestia da parte dell'artiglieria liparese, fece allora avanzare le galee che erano rimaste al sicuro dietro la punta del Capistello, e fattele entrare nell'insenatura di Portinenti, fece sbarcare da esse altre truppe ed altri pezzi di artiglieria. I nuovi preparativi spinsero i Liparesi ad inviare l'8 luglio, nel campo di Barbarossa, una nuova ambasceria, composta di tre fra i più eminenti cittadini del luogo, onde scongiurare il nemico di sospendere l'assalto ed avanzare richieste adeguate alle condizioni economiche degli assediati. L'ambasceria ebbe esito negativo ed il bombardamento della città di Lipari continuò con più violenza e più accanimento, per cui il Comandante la fortezza di Lipari ed i giurati della stessa città pensarono di rivolgersi a certo lacopo Camagna, uomo stimato da tutti, di molta autorità e pratica negli affari, per chiedere il suo intervento presso Barbarossa. Il Camagna, vedendo che la patria era ridotta a mal partito e che non vi era alcuna speranza di soccorso, circondata per come era dal nemico per terra e per mare, osservando che i suoi concittadini erano profondamente abbattuti d'animo, mentre i nemici erano diventati più arditi, pur trovandosi in precarie condizioni, data la gravezza degli anni e la sua malferma salute, accettò l'incarico di trattare con il nemico. Giunto al cospetto di Barbarossa, il Camagna, con parola facile e piena di blandizie, si sforzò di ottenere clemenza per i suoi concittadini, dichiarando che essi erano pronti ad aprire le porte del loro Castello purché fosse assicurata l'immunità a quanti dentro vi si trovavano. La proposta non fu accettata dal nemico, il quale promise invece di lasciare libere da ogni tributo soltanto ventisei famiglie. Tale notizia fu dal Camagna recata ai suoi concittadini, i quali furono dallo stesso con una forte orazione esortati ad arrendersi.
Gli assediati decisero di inviare un nuovo ambasciatore da Barbarossa nella persona di Bartolo Comito, con l'incarico di offrire, come condizione di resa, che ogni uomo potesse essere libero mediante il pagamento di venti scudi. Sembra che la proposta sia stata accettata dal Barbarossa, per cui i Liparesi, convinti dalle promesse fatte al Camagna ed al Comito, stanchi del lungo assedio e mancando loro le vettovaglie e le munizioni, decisero di arrendersi.
La mattina del venerdì 11 luglio, dopo ben dieci giorni di aspra lotta, tutto il popolo liparese, con in testa il Capitano d'armi ed i giurati della città, si recò al campo di Barbarossa per fare atto di omaggio e consegnare le chiavi della città. I re dei pirati, accettando la sottomissione, rimandò tutti entro il Castello, dando ordine ad uno dei suoi ufficiali di compilare l'elenco delle ventisei famiglie più cospicue che, giusto i patti, dovevano essere lasciate libere da qualunque molestia e dal pagamento di qualunque tributo. Nel pomeriggio dello stesso giorno Barbarossa, seguito dai suoi ufficiali e da un trionfante stuolo di giannizzeri, si recò dentro le mura della città di Lipari e diede ordine che fosse trasportata nella casa del Camagna tutta la mobilia delle ventisei famiglie libere, onde cosi preservarla dal saccheggio che i suoi soldati avrebbero compiuto nella città occupata. Provveduto a ciò, egli concesse ai Turchi il saccheggio della città. Turbe feroci si precipitarono dovunque, commettendo ogni sorta di nefandezze, di ruberie e di atti inumani. Tutte le case furono spogliate, e molte di esse furono dalla ferocia dei devastatori ridotte a mucchi di pietre. Per accelerare l'opera vandalica di distruzione, fu in molte parti della città dato il fuoco. Nulla riuscì a frenare la furia devastatrice degli assalitori, non le chiese, non le immagini sacre, che furono calpestate, imbrattate di fango e trascinate per terra. La chiesa di S. Bartolomeo, vicino al porto, ed il nobile monastero dei religiosi di San Francesco dell'Osservanza ad essa attaccato, furono devastati e dati alle fiamme. Anche alla Cattedrale, eretta dalla munificenza del normanno conte Ruggiero, fu appiccato il fuoco, dopo di essere stata saccheggiata dagli infedeli. Il grande soffitto e gli splendidi lavori in pittura ed in legname che rendevano quel tempio pregevole anche dal lato artistico, rimasero cosi inceneriti. Fu in quell'occasione distrutto pure l'Archivio Municipale in cui erano conservate tante pubbliche scritture sia della Chiesa che della città di Lipari.
Compiuta l'opera di devastazione della città, contrariamente ai patti stabiliti, la mattina del sabato 12 luglio, il Barbarossa fece trasportare sulle navi tutta quanta la mobilia che era stata raccolta nella casa del Camagna e di proprietà delle ventisei famiglie che dovevano essere lasciate libere, e quindi fece dare fuoco alla stessa casa del Camagna. Ma non solo per questo atto il Barbarossa si rese spergiuro; contrariamente alle condizioni di resa, dopo avere fatto caricare sulle navi il bottino, fece prendere e condurre sulle stesse galee gli abitanti di Lipari senza esentarne neppure uno dalla schiavitù.
Dopo avere cosi saccheggiata ed incendiata quasi tutta la città ed avere ridotto nella più squallida desolazione l'isola, il corsaro si parti da Lipari portando seco un ingente bottino, iniquo trofeo di guerra, e più di ottomila prigionieri di ogni sesso ed età, lasciando la città completamente spopolata. Il 14 luglio i corsari saccheggiarono Milazzo e si avvicinarono a Reggio, e precisamente a Catona, ove molti dei Cristiani che erano stati fatti prigionieri nelle varie incursioni di Barbarossa furono, specie ad opera dei Messinesi, riscattati, e fra questi molti Liparesi. Grave era la condizione dei prigionieri, i quali, non convenientemente nutriti, venivano lasciati morire di fame, di stenti e poscia gettati come inutile e funesto ingombro nel mare. Dopo essersi fermato alcuni giorni lungo la costa calabra, Barbarossa riprese il suo viaggio, portando in Oriente migliaia di schiavi cristiani ed un ricco bottino. Tra coloro che furono riscattati fu anche il Camagna, contro il quale molte furono le voci che si levarono, accusandolo di essere stato traditore della patria, per cui, subito dopo liberato, venne dal Governatore di Messina trattenuto sotto si grave imputazione. Il Camagna riuscì però ben presto a giustificare la sua condotta e provare la sua innocenza per cui, dopo alcuni mesi, poté fare ritorno nella sua città di Lipari. I Liparesi che ottennero il riscatto, tornarono in patria e con quelli che si erano salvati con la fuga nelle vicine campagne, presero a ripopolare la città duramente provata.