La storia del manto vegetale che copriva le Isole Eolie risulta caratterizzata da alterne vicende strettamente legate alle popolazioni locali che hanno modificato la struttura morfologica e territoriale delle isole, dal tempo dei primi insediamenti in età neolitica all’epoca attuale. Le folte boscaglie di leccio (Quercus ilex) che ricoprivano gran parte della superficie delle isole, hanno lasciato il posto a formazioni vegetali, assai diverse: macchia, gariga con rimboschimenti da parte dell'uomo non sempre azzeccati come i boschi di eucalipto ed acacia. Già in epoca romana ci furono rimboschimenti a Salina ed a Lipari; questo spiega probabilmente la presenza del castagno in queste isole dove quest'essenza costituisce estesi boschi. Le isole hanno subito nel corso dei secoli forti disboscamenti come ad esempio l'Isola di Filicudi, la "Phoinikodes" di Aristotele o la "Palmaria" dei cartografi del XVII secolo era totalmente ricoperta da palme nane (come si evince all’esatta etimologia del nome greco), tesi confermata dalla recente scoperta di reperti fossili e di un esiguo popolamento di palma nana. Filicudi fu quasi completamente “terrazzata” per essere resa coltivabile.Il disboscamento di tutte le isole compresa l'isola sacra di Vulcano fu completato nel 1700.
I boschi autoctoni attualmente ancora integri si possono vedere a Stromboli (sopra Ficogrande), a Vulcano (Gelso) ed a Lipari (Pirrera) o nelle aree piú impervie ed inaccessibili. Tali boschi sono costituiti da leccio (Quercus ilex), dall'erica (Erica arborea), dal corbezzolo (Arbutus unedo), l'omiello (Fraxin
us ornus), il caprifoglio (Lonicera implexa), il citiso Montpellier (Teline monspessulana), il citiso trifloro (Cytísus villosus) e da altre entitá. Alle Eolie sono presenti anche quercete a foglie caduche, dove al leccio si sostituisce la roverella (Quercus pubescens), particolarmente osservabili a Salina e a Panarea, e lembi di pinete sparse. Con la progressiva rarefazione, le formazioni arboree sono state sostituite dalla macchia, una vegetazione arbustiva che ricopre gran parte dei rilievi delle isole, costituita dall'erica arborea, (Arbutus unedo), ginestra odorosa (Spartiumjunceum), dai cisti (Cistus salvifolius,Cistus monspeliensis, Cistus creticus ssp. Eriocephalus), oltre all'endemica ginestra (Genista tyrrbena). Questa vegetazione raggiunge le sue forme piú belle nelle stazioni a quote superiori a 300400 metri, favorita durante le ore notturne con percentuali di umidità elevata anche in estate. Quando é degradata la macchia, si impoverisce sotto il profilo floristico, con monotonia di specie presenti come ad esempio nelle cistete intorno al versante meridionale del Gran Cratere di Vulcano e sui rilievi di Panarea.
In alcune zone, per il verificarsi di incendi, queste formazioni danno luogo a tipici stadi di macchia bassa: gariga e steppa. Tali ambienti, anche se degradati, rivestono spesso un ruolo importante nella biodiversitá floristica delle Eolie, infatti, molte specie trovano aree favorevoli alla propria espansione, oltre a creare uno spettacolare effetto cromatico. Nella gariga e steppa si riscontrano, particolarmente diffuse, le liliacee scilla marittima (Urginea maritima) e asfodelo (Asphodelus microcarpos), che con i loro alti scapi fiorali "vivacizzano" il paesaggio rispettivamente durante i periodi tardo-estivo e primaverile. Nelle falesie si trovano specie della flora 
rupicola, che qui annovera numerosi endemismi locali e dell’area tirrenica. La centaurea cineraria eolica, abbastanza comune in tutto l’arcipelago, è frequente in diverse tipologie vegetazionali. Piú misteriosa é la storia di una leguminosa (Cytisus acolicus Guss.), il "gigante dei citisi", come ebbero a definirlo i botanici italiani fin dal tempo della sua scoperta. Teofrasto riferisce che "la colitia", che cresce nelle isole Lipari, é un albero di considerevoli dimensioni e produce frutti grandi come una lenticchia racchiusi in un guscio, che fanno ingrassare straordinariamente le greggi. Si tratta certamente del citiso eolico che puó raggiungere e superare una decina di metri di altezza, e che veniva usato come foraggio dai contadini eoliani. La silene (Silene hicesiae) é alta fino a un metro, con fiori purpurei, sembra essere abbastanza affine alla silene delle Isole Sardo-Corse; é localizzata soltanto sulle rupi del versante occidentale di Panarea.